Türkiye, Avrupa Patent Sözleşmesi’ne taraf olduğundan bu yana Avrupa Patentlerinin Avrupa Patent Ofisi nezdindeki itiraz/temyiz işlemleri henüz sonuçlandırılmamışken, bu patentlerin Türkiye validasyonlarından doğan hakların ileri sürülmesi veya bu patentlerin mahkemelerce geçersiz kılınması sıkça tartışılan bir konu olmuştur.
Bir Avrupa Patenti Türkiye’de valide edildiğinde, ulusal bir patent haline gelir. Avrupa Patentleri bakımından TÜRKPATENT yalnızca prosedürel işlemleri yürüten bir kurum gibi görev almaktadır. TÜRKPATENT hiçbir aşamada, Avrupa Patentlerine ilişkin bir inceleme gerçekleştirmediği gibi, patentlerin verilmesi sonrasında bulunulacak itirazlarda da karar mercii değildir. Kanun’da, Avrupa Patentleri ile ulusal patentler arasında çelişkiye ve farklı uygulamaya yol açan iki durum mevcuttur. İlki; Mahkemeler, TÜRKPATENT nezdindeki ulusal itiraz süreçleri sonuçlanana kadar herhangi bir hükümsüzlük davasını karara bağlayamazken; Avrupa Patentleri bakımından bu tür bir dokunulmazlık söz konusu değildir. Diğer hüküm ise patentin verilmesi sonrasında patent istemlerinde değişiklik yapılmasına yönelik bir talepte bulunulmasına izin verilmeyeceği hususundadır. Türkiye’de valide edilen Avrupa Patentleri, Avrupa Patent Ofisi nezdindeki itiraz süreçleri sırasında değişikliğe uğrayabilir ve söz konusu değişiklik de Türkiye’de valide edilen patente yansıtılabilir olduğu halde bu patentler, itiraz süreci beklenmeden doğrudan hükümsüzlük davalarına konu olmaktadır. Ayrıca EPC madde 138/(3) hükmü uyarınca Türkiye’de valide edilen Avrupa Patentleri aleyhlerine açılan hükümsüzlük davasından kurtulmak için değiştirilebildiği/sınırlanabildiği halde, bu imkân ulusal patentler için mevcut değildir. ,.
Henüz Avrupa Patent Ofisi önündeki itiraz süreci tamamlanmadan, Türkiye’deki Mahkemelerce herhangi bir hükümsüzlük kararı verilmesinin önüne geçmek için, Avrupa Patenti sahiplerine Mahkeme’den Avrupa Patent Ofisi nezdindeki itiraz süreçlerinin sonucunu beklemesini istemeleri tavsiye edilmektedir. Avrupa Patent Ofisi nezdindeki sürecin uzun sürmesi gerekçesiyle, bu talebin Mahkeme tarafından kabul edilmemesi halinde, Mahkeme’den Avrupa Patent Sözleşmesi m. 138/3 hükümlerini uygulamasını talep etmek uygun olacaktır.
Avrupa Patent Sözleşmesi m.138/3, hükümsüzlük davasına bakan ulusal mahkemenin, Avrupa Patenti sahiplerinin değişiklik yapmak suretiyle patenti sınırlandırmalarına izin vermekte ve bu durumda ilgili patent, sınırlandırıldığı haliyle, hükümsüzlük incelemesine konu olmaktadır. Bu hüküm kapsamındaki değişiklik prosedürü mahkemeler ile TÜRKPATENT için açık bir süreç olmasa da, Mahkemeler, bu talepleri inceleme ve TÜRKPATENT’e patentin sınırlandırılması yönünde karar vermesi için talimat verme eğilimindedir.