Türkiye, Avrupa Patent Konvansiyonu’na (“EPC”) taraf olduğundan bu yana Avrupa Patentlerinin Avrupa Patent Ofisi nezdindeki itiraz/temyiz işlemleri henüz sonuçlandırılmamışken, söz konusu patentlerin Türkiye validasyonlarından doğan hakların ileri sürülmesi veya mahkemelerce hükümsüz kılınabilmesi sıkça tartışılan bir konu olmuştur.
Bir Avrupa Patenti Türkiye’de valide edildiğinde, ulusal bir patent haline gelir. Avrupa Patentleri bakımından TÜRKPATENT yetki ve görevlerini Avrupa Patent Ofisi’ne devretmiş gibi görünmekte, bu nedenle yalnızca birtakım usuli işlemleri yürüten bir kurum gibi görev almaktadır. TÜRKPATENT hiçbir aşamada, Avrupa Patentlerine ilişkin bir inceleme gerçekleştirmediği gibi, patentlerin verilmesi sonrasındaki itirazlarda da inceleme ve karar mercii değildir.
SMK’da, Avrupa Patentleri ile ulusal patentler arasında çelişkiler hatta ayrımcı olarak nitelendirebileceğimiz hususlar söz konusudur. Bunlardan biri, mahkemelerin, TÜRKPATENT nezdindeki ulusal itiraz süreçleri sonuçlanana kadar herhangi bir hükümsüzlük davasını karara bağlaması mümkün değilken; Avrupa Patentleri bakımından bu tür bir dokunulmazlığın söz konusu olmamasıdır. Diğer bir husus ise, patentin verilmesi sonrasında patent istemlerinde değişiklik yapılmasına yönelik bir talepte bulunulmasına izin verilmeyeceğine ilişkindir. Türkiye’de valide edilen Avrupa Patentleri, Avrupa Patent Ofisi nezdindeki itiraz süreçleri sırasında değişikliğe uğrasalar da doğrudan hükümsüzlük davalarına konu edilebilirler ve söz konusu değişiklik de, otomatik olarak, Türkiye’de valide edilmiş haline yansıtılır. Bu patentler, itiraz süreci beklenmeden doğrudan hükümsüzlük davalarına konu edilebilmekte hatta patent sahibine istem değişikliği hakkı tanınmadan karara bağlanabilmektedir.
Avrupa Patenti sahiplerine, mahkemeden Avrupa Patent Ofisi nezdindeki itiraz süreçlerinin sonucuna kadar beklemesini talep etmeleri tavsiye edilmektedir. Avrupa Patent Ofisi nezdindeki sürecin uzun sürmesi gerekçesiyle söz konusu talepler her zaman kabul edilmemekle birlikte, kanun hükmündeki Avrupa Patent Konvansiyonu’nun patent sahibine patenti yaşatma yönünde verdiği haklar gözetilmelidir.
Avrupa Patent Konvansiyonu madde 138/3, Türkiye’deki hükümsüzlük davası sırasında Avrupa Patenti sahibinin değişiklik yapmak suretiyle patenti sınırlandırmasına imkân tanımakta ve sınırlanan istem setinin hükümsüzlük davasının konusu olacağını düzenlemektedir. Bu hüküm kapsamındaki istem sınırlama prosedürü mahkemeler ve TÜRKPATENT yönünden net bir süreç olmasa da mahkemeler, söz konusu talepleri inceleme ve TÜRKPATENT’e patentin sınırlandırılması yönünde karar vermesi için talimat verme eğilimindedir.